La Fiscalía Especializada en Medio Ambiente, a cargo de Zunilda Ocampos Marín, formuló acusación contra el cacique Rafael Recalde Molinas y los brasileños Fabio Meiners y Roque Gregori por tala o desmonte de árboles de especies nativas. De igual modo, la representación pública requirió que todos ellos sean llevados a juicio oral. El requerimiento conclusivo fue presentado en el Juzgado Penal de Itakyry, a cargo de la magistrada Graciela Ortiz de Villalba.

La investigación se inició el 7 de agosto de 2013, tras la denuncia presentada por miembros de la Comisión Vecinal Santa Lucía del distrito de Itakyry. Según los antecedentes, los sospechados supuestamente cometieron delitos ambientales en un inmueble de 2 mil hectáreas de la comunidad nativa. 

Según la acusación penal, el cacique y los dos extranjeros están sindicados de ser autores y responsables de haber depredado y perjudicado la conservación de la parte vital de una reserva natural, zona de protección, en detrimento de la conservación y prevalencia de los recursos naturales y del medio ambiente, sin ningún criterio técnico.

Resalta el escrito fiscal que los encausados utilizaron maquinarias pesadas para derribar árboles, en una superficie de 710 hectáreas. El inmueble fiscal se le había entregado a la comunidad Ava Guaraní para establecer su habitad y utilizar el lugar para el cultivo de autoconsumo. Sin embargo, el cacique Rafael Recalde Molinas, por decisión propia y contra la voluntad de algunos miembros de su comunidad, y los acusados Fabio Meiners y Roque Gregori habían deforestado parte del bosque de 2.000 hectáreas. Posteriormente, mecanizaron el lugar para la plantación de soja.