Operación Ágata Conjunta Sur se lleva a cabo simultáneamente con los Ejércitos de Paraguay y Uruguay, donde se realizan las mismas acciones que en Brasil en las regiones fronterizas de estos países vecinos. Desde el 1 de julio, la Operación se lleva a cabo en la región Sur de Brasil: Paraná, Santa Catarina y Rio Grande do Sul.
Todo el control se ejecuta directamente desde el Centro de Coordinación de Operaciones (CCOP) del Comando Militar del Sur (CMS) en Porto Alegre/RS, donde se encuentra el Comando Conjunto Sur, responsable de recibir y coordinar todas las acciones de la Operación en tiempo real.
La Constitución Federal de Brasil establece que la franja de hasta 150 km de ancho a lo largo de las fronteras terrestres se considera fundamental para la defensa del territorio nacional, función primordial de las Fuerzas Armadas, según lo establece el Art. 142 de la Constitución Federal de 1988.
La actuación de las Fuerzas Armadas, a través de acciones preventivas y represivas, en la lucha contra los delitos transfronterizos y ambientales en la franja fronteriza, incluyendo sus aguas interiores y costa marítima, está respaldada por la Ley Complementaria nº 97, del 9 de junio de 1999, y por el Decreto nº 8.903, del 16 de noviembre de 2016.
La Ágata Conjunta Sur es un trabajo interagencias coordinado por el Ministerio de Defensa y tiene como objetivo realizar acciones preventivas y represivas en la frontera terrestre y marítima contra delitos transfronterizos y ambientales, en coordinación con organismos de seguridad y fiscalización federales y estatales.